中心以陕西中医学院和中药行业优秀企业形成校企合作模式的协同创新研究体制，充分发挥学校和企业各自在人才、技术和资金等方面的优势，提高创新能力，实现科研成果的快速转化。

中心组织结构包括中心建设管理委员会、中心办公室、专家咨询委员会。中心实行主任（负责人）负责制，下设若干科研实验室和相关工作支撑部门。